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进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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本文提出了 WINDEX 方法，通过分层整合位点与窗口层面的统计信息，显著提升了在群体遗传数据中检测正选择信号的能力及其定位精度，并估算出不同人群基因组中受正选择压力的比例约为 9.7% 至 10.5%。
该研究利用多组长短读长测序数据，揭示了北美两种鹿（Odocoileus 属）物种间结构变异（SVs）在生殖与感官适应基因上的分布特征及其受选择信号，表明这些结构变异可能是驱动鹿类物种形成和生殖隔离的关键基因组机制。
该研究通过匹配有效样本量发现，中枢神经系统富集性状的遗传架构受更强选择约束，其关联信号较弱且等位基因频率较高，揭示了复杂性状遗传架构受其介导组织特性的塑造。
该研究通过构建进化导向的基因集和跨物种单细胞图谱，揭示了脊椎动物前脑进化是在稳定的细胞架构基础上，通过谱系特异性地微调深层保守的转录程序而实现的。
该研究通过对 38 种旧大陆猴灵长类动物的分析表明，氨基酸突变适应度效应分布（DFE）的种间差异主要由有效种群大小（Ne）驱动，而非谱系特异性因素，且在不同物种间具有广泛的保守性。
该研究通过对中国宋代古种子的古基因组测序，证实了当时传入的甜瓜源自亚洲驯化群体而非中国独立驯化，并揭示了其已具备绿色果肉等早期选育特征，反映了宋代的审美偏好与食用方式。
该研究通过整合锶同位素基线调查、碳氮稳定同位素分析以及已发表数据，首次构建了公元前 4450 至 2100 年北黑海草原的锶同位素热力图，揭示了铜石并用时代至青铜时代游牧人群在该区域内部及东西部之间的复杂迁徙模式。
本文提出了名为 Genomebook 的进化系统，通过引入基于孟德尔遗传的 26 种行为性状参数化层，证明了在大型语言模型（LLM）代理群体中，结构化且可遗传的遗传架构能够有效驱动受选择压力影响的行为演化，从而克服传统克隆部署缺乏可遗传变异的局限。
该研究提出了一种基于贝叶斯框架和费舍尔几何模型的统计方法，通过分析菊苣坏死花叶病毒在五种菊科宿主上的交叉接种实验数据，成功推断出揭示宿主许可性异质性与系统发育关系的跨宿主适应性景观。
该研究提出，环境扰动通过改变动力学校对机制的最优驱动速率，动态调节复制错误率，从而在突变供给与生存稳健性之间建立权衡，为间断平衡、近中性进化及种群规模与基因长度对进化适应的制约提供了分子机制解释。